Ο κεντρικός ναός, το Καθολικό όπως χαρακτηριστικά λέγεται στη μοναστηριακή γλώσσα, βρίσκεται στο κέντρο της αυλής της Μονής και είναι αφιερωμένος στην Αγία Ειρήνη τη Μεγαλομάρτυρα η οποία τιμάται από την Ορθόδοξη Εκκλησία στις 5 Μαΐου. Στο τέμπλο του ναού βρίσκεται ανηρτημένη η θαυματουργή εικόνα της Αγίας Ειρήνης ενώ προ του τέμπλου δίπλα στα προσκυνητάρια δεξιά και αριστερά εκτίθενται προς προσκύνησιν κιβωτίδια με ιερά λείψανα διαφόρων Αγίων. Στο ναό μπορεί κανείς να θαυμάσει τα ιερά καλύμματα της Αγίας Τραπέζης, των ιερών Σκευών και των προσκυνηταρίων καθώς και τα άμφια των ιερέων που είναι κεντημένα και ραμμένα από τα άξια, εργατικά και ευλογημένα χέρια των αδελφών-μοναζουσών της ιεράς Μονής. Το κομψότατο τέμπλο, το πρωτότυπο αναλόγιο, τα αναπαυτικά στασίδια των ψαλτριών, ο περίτεχνος και επιβλητικός Αρχιερατικός θρόνος και τα προσκυνητάρια είναι έργα του ξυλογλύπτη Ηλ. Βρέζα από τη Θεσσαλονίκη και είναι ένα αληθινό στολίδι του ναού. Εκείνο όμως που κατεξοχήν κοσμεί το ναό είναι οι ωραιότατες και πρωτότυπες τοιχογραφίες του καταξιωμένου καλλιτέχνη, του ζωγράφου και αγιογράφου Δημητρίου Μουρλά ο οποίος έχει αγιογραφήσει πολλούς ναούς στη γενέτειρά του νήσο Πάρο, στην Ξάνθη, στην Αθήνα, όπου και το αγιογραφικό εργαστήριό του, και αλλού. Οι τοιχογραφίες αυτές εντυπωσιάζουν για τη σύνθεση των προσώπων και παραστάσεων, την έκφρασή τους και την πρωτοτυπία και αρμονία των χρωμάτων. Στον ίδιο καλλιτέχνη ανήκουν και οι φορητές εικόνες του τέμπλου και ο Εσταυρωμένος με τα λυπηρά στην κόγχη του ιερού. Μοναδικής ομορφιάς έργο είναι ο Παντοκράτορας στον τρούλλο όπως και τα περί αυτόν εικονιζόμενα πρόσωπα της Θεοτόκου, του Προδρόμου, των Αγίων Αγγέλων και των Προφητών που διακρίνονται για το εξής:

Ο καλλιτέχνης δεν χώρισε με διαζώματα τα ανωτέρω πρόσωπα αλλά με τους κατάλληλους χρωματισμούς φρόντισε να αναδείξει την ενότητά τους στη δόξα του Θεού, το ότι βρίσκονται «κύκλω του θρόνου Αυτού». Τα εγκαίνια του Καθολικού τέλεσε με κάθε εκκλησιαστική μεγαλοπρέπεια και λαμπρότητα ο μακαριστός Μητροπολίτης Αντώνιος στις Ιουνίου 1982.

Αριστερά στον εξωνάρθηκα βρίσκεται σε ιδιαίτερο χώρο ο πρωτότυπος «Γολγοθάς» της Μονής, δηλαδή ο Εσταυρωμένος με τα λυπηρά και πολλές μικρότερες φορητές εικόνες με θέματα από τη ζωή και το πάθος του Κυρίου ημών Ιησού Χριστού. Ο χώρος αυτός στον οποίο καίγεται ακοίμητη κανδήλα χρησιμεύει από ετών σαν εξομολογητήριο.

Δεξιά στον εξωνάρθηκα βρίσκεται το γραφείο του ναού και δίπλα ακριβώς στο δικό του χώρο το προσκυνητάρι της Αγίας με το παγκάρι και τα μανουάλια που βρίσκονται εδώ για να μην «καπνίζουν» τα κεριά τις εξαίρετες τοιχογραφίες του ναού.

Ενσωματωμένο στο ναό και ακριβώς πάνω από το γραφείο βλέπουμε το κομψότατο καμπαναριό με τις 20 γλυκόλαλες καμπάνες του. Οι μοναχές ανεβαίνουν σ΄αυτό με ανεμόσκαλα και χτυπούν τις καμπάνες, με σκοινιά, πλήκτρα και φρένα κατά την Ιεροσυλυμίτικη μελωδία, τη μελωδία του ναού της Αναστάσεως στην Αγία Πόλη Ιερουσαλήμ.

Ο ιερός ναός του Αγίου Νεκταρίου βρίσκεται στο υπόγειο του ιερού ναού της Αγίας Μεγαλομάρτυρος και εορτάζει στις 9 Νοεμβρίου οπότε και τελείται η Δευτέρα πανήγυρις της Μονής με την συμμετοχή του οικείου Ιεράρχου, πολλών ιερέων και πλήθος κόσμου. Στο ναό αυτό μέσα σε κομψότατη αργυρόγλυπτη λειψανοθήκη φυλάσσεται τεμάχιο ιερού λειψάνου από τον δεξιό αντίχειρα του Αγίου Νεκταρίου. Η χαραγμένη επιγραφή της λειψανοθήκης έχει ώς εξής: «Τω θαυματουργώ Αγίω Νεκτάριω, γόνω Σηλυβρίας Θράκης, ο Ξάνθης Ανώνιος 16 Φεβρουαρίου 1972». Το λείψανο αυτό εδόθη στον μακαριστό Μητροπολίτη Ξάνθης και Περιθεωρίου Αντώνιο (†25.7.94) – εκπρόσωπο της Ιεράς Συνόδου της Εκκλησίας της Ελλάδος κατά τον εορτασμό για την ανακήρυξη του Ιεράρχου σε Άγιο στις 9.11.1961 – ως ευλογία για το λαό της Ξάνθης από τον επίσης Μακαριστό Μητροπολίτη Ύδρας, Σπετσών και Αιγίνης Προκόπιο Καραμάνο μαζί με το ιεροσφράγιστο κείμενο γνησιότητος του ιερού λειψάνου.

Το τέμπλο του ναού αυτού είναι ξυλόγλυπτο και τόσο χαμηλό, όσο οι πιστοί να μπορούν να παρακολουθούν ελεύθερα την τέλεση της θείας λειτουργίας, γεγονός που δίνει άλλη αίσθηση του ιερού μυστηρίου στους συμμετέχοντες σ΄αυτό. Και εδώ το τέμπλο, τα προσκυνητάρια, τα στασίδια, ο Αρχιερατικός θρόνος, το αναλόγιο είναι ξυλόγλυπτα και έργα του Ηλ. Βρέζα. Τα άξια και φιλόπονα χέρια των μοναζουσών έχουν και σ΄αυτόν το ναό κεντήσει τα εντυπωσιακά καλύμματα των ιερών σκευών της Αγίας Τραπέζης και τα άμφια των ιερέων. Στο ναό αυτό τελούνται οι λειτουργίες από τις 9/11 έως τη Μεγάλη Εβδομάδα και αυτό γιατί ο ναός θερμαίνεται καλύτερα. Ο ναός εορτάζει στις 9/11 και στις 3/9 ημέρα της ανακομιδής του λειψάνου του Αγίου. Δίπλα στο τέμπλο δεξιά και αριστερά βρίσκονται τα προσκυνητάρια της Αγίας Κυριακής (7/7) και της ζωοδόχου Πηγής (Παρασκευή Διακαινησίμου) οπότε και γίνονται μικροπανηγύρεις με θεία λειτουργία. Η από ετών καθιερωμένη αγρυπνία του Αγίου Ιωάννου του Χρυσοστόμου (13/11) γίνεται εδώ, οπότε και εκτίθεται προς προσκύνησιν το τεμάχιο του λειψάνου του Αγίου. Τα εγκαίνια του ναού έγιναν από τον αοίδιμο Μητροπολίτη Αντώνιο στις 13 Ιουνίου 1982.

Το ιερό λείψανο του Αγίου Νεκτάριου, η γλυκιά ψαλμωδία των μοναχών, το ιλαρό φώς των κανδηλιών καθώς και ο χαμηλός και διακριτικός φωτισμός του ναού δίδουν μια εξαιρετικά κατανυκτική ατμόσφαιρα στους πιστούς.

Κάθε Τρίτη στις 9.00 π.μ. τελείται ιερά Παράκλησις στον Αγιο Νεκτάριο και ακολουθεί το κήρυγμα του θείου λόγου από τον εντεταλμένο ιερέα της Μητροπόλεως καθώς και το μυστήριο του ιερού ευχελαίου.

Το ιερό παρεκκλήσιο του Αγίου Αντωνίου βρίσκεται στον τρίτο όροφο του κτιρίου του ιερού ιδρύματος της Μονής και ανάμεσα στα κελλιά των μοναχών. Είναι ο πρώτος ναός που κτίστηκε στη Μονή και τα εγκαίνια του έγιναν από το μακαριστό Μητροπολίτη Αντώνιο στις 9 Ιουνίου 1982. Η ονομασία του ναού έγινε για να τιμήσει ο μακαριστός Μητροπολίτης τον προστάτη Άγιό του και κτίστηκε με το σκεπτικό να τελούνται οι καθημερινές ακολουθίες των αδελφών όταν ο καιρός δε επιτρέπει να κατέρχονται αυτές και τα παιδιά στο Καθολικό. Το τέμπλο και εδώ είναι ξυλόγλυπτο κα χαμηλό όπως αυτό του ναού του Αγίου Νεκταρίου και είναι διακοσμημένος ο ναός με εργόχειρα των μοναχών. Ο ναός αυτός φιλοξενεί πολλά λείψανα μεταξύ των οποίων αυτό του Αγίου Αντωνίου. Εδώ τελούνται και τα ιερά Σαρανταλείτουργα. Εορτάζει στις 17/1 και εδώ τιμάται και η μνήμη του Αγίου Μεγαλομάρτυρος Τρύφωνος την 1/2 οπότε και εκτίθεται προς προσκύνησιν τεμάχιο του ιερού του λειψάνου.

Ο ιερός ναός των Αγίων Νεο-Μεγαλομάρτυρων Ραφαήλ, Νικολάου και Ειρήνης βρίσκεται κτισμένος πίσω από το ιερό του Καθολικού και δίπλα ακριβώς από τη φιάλη του Αγιασμού. Είναι ατελής ακόμη.

Το ιερό παρεκκλήσιο των Αγίων Γρηγορίου του Θεολόγου (25/1) και Οσίου Γρηγορίου κτίτορος της εν Άθω ιεράς Μονής του Αγίου Νικολάου (7/12) βρίσκεται κτισμένο δεξιά μόλις μπαίνουμε από την κεντρική πύλη της Μονής και δίπλα ακριβώς από το οστεοφυλάκιο των κτιτόρων. Είναι ατελείωτο ακόμη και αυτό.

Το ιερό παρεκκλήσιο της του Χριστού Γεννήσεως ή Αγίας Βηθλεέμ (25 και 26/12) βρίσκεται ενσωματωμένο στη μάνδρα και συγκεκριμένα στα δεξιά από την κεντρική πύλη της Μονής. Ατελές ακόμη.

Ο ιερός ναός της του Χριστού Αναστάσεως βρίσκεται στο κοιμητήριο της Μονής και φιλοξενεί το γενικό οστεοφυλάκιο. Ατελείωτο ακόμη.

Εορτές – πανηγύρεις

Το καθολικό όπως και η Ιερά Μονή τιμάται επ΄ονόματι της Αγίας Ειρήνης της Μεγαλομάρτυρος και εορτάζει στι 5 Μαίου. Στο υπόγειο του Καθολικού υπάρχει ναός αφιερωμένος στον Άγιο Νεκτάριο και εορτάζει στις 9 Νοεμβρίου, οπότε και τελείται η Δευτέρα πανήγυρις της Μονής. Και στις 2 τελείται Αρχιερατική Θεία Λειτουργία μετά ιερού κηρύγματος από το Σεβασμιώτατο Μητροπολίτη Ξάνθης και Περιθεωρίου κ.κ. Παντελεήμονα παρουσία των κληρικών και μοναχών της Ιεράς Μητροπόλεως, αντιπροσώπων των αρχών του Νόμου και πάνδημη συμμετοχή.

Επίσης η Μονή τιμά με ιδιαίτερη ευλάβεια τη μνήμη των παρακάτω Αγίων:

α) του Μεγάλου Βασιλείου την 1ην Ιανουαρίου

β) του Αγίου Αντωνίου στις 17 Ιανουαρίου στο ιερό παρεκκλήσιο του ιδρύματος.

γ) του Αγίου Γρηγορίου του Θεολόγου στις 25 Ιανουαρίου.

δ) της Οσιομάρτυρος Φεβρωνίας στις 25 Ιουνίου.

ε) της Αποτομής της Τιμίας Κεφαλής του Αγίου Ιωάννου του Προδρόμου στις 29 Αυγούστου.

στ) της Ανακομιδής των ιερών λειψάνων του Αγίου Νεκταρίου στις 3 Σεπτεμβρίου.

ζ) του Αγίου Σεργίου του Ραντονέζ στις 25 Σεπτεμβρίου

η) του Αγίου Ιωάννου του Χυσοστόμου στις 13 Νοεμβρίου

θ) του Αγίου Μοδέστου Αρχιεπισκόπου Ιεροσολύμων στις 16 Δεκεμβρίου.